システム部門は、血液学(血算・凝固・形態・骨髄像)検査，生化学・免疫(感染症・内分泌,腫瘍マーカー)検査，尿検査(定性・沈渣・生化学)，髄液一般検査・異種材料検査・緊急検査，外来採血室を担当する統合部門です。実施検査項目数は約150項目、検査実施件数は650万件を超えています。検査結果を報告するまでの時間は、尿検査・血液検査で約30分，生化学検査で約60分と迅速に行っています。外来至急を優先的に処理していますので、診察前に検査結果が届けられ、患者さんが検査結果を聞きに来られるために再度来院される手間を減らすことができます。また、特殊染色の検査や精査が必要なものを除き、すべての結果を当日報告しています。

各検査とも自動分析装置を用いて測定をしています。異常結果や非特異反応の検討には他の解析方法を用いる等して積極的に取り組んでいます。血液検査や尿沈渣，髄液一般検査ではより精度の向上を目的とし顕微鏡を用いた目視判定も実施しています。

また、デジタルカメラの撮影装置も完備しており、結果の蓄積や画像デ－タの報告も可能です。同時に検査技師のスキルアップにも努めています。

病院の電子カルテ化に対応し、検査依頼と結果報告はすべて情報ネットワ－クでやりとりしていますので、診療側ではすべての結果を情報端末で確認することが可能です。

高度先進医療に関連する検査を実施し診療に貢献する一方で、検査の新規機種や新規試薬の検討，開発に産学共同で医療の場に貢献しています。